在叶之镇交换获得百变怪的小智，后来经过了一个阴暗的森林，在那里邂逅并收服了一只高智商的闪光猫头夜鹰。

“我输了！”一位穿着红色外套，肩膀上还站着一只长尾怪猴的小姐姐说道。

此时，天气晴朗，小智三人和新认识的小姐姐正在一片绿荫下享受着午餐。

那名被小智打败的小姐姐叫做小凌，在附近锻炼宝可梦时，遇到了小智等人，向小智发起了挑战。

结果，可想而知，小凌败得一塌涂地。

“小智不愧是宝可梦关都的超新星训练家！”

“当然了，师父可是非常强的！”

“小智看起来很疲惫，如果想要放松休养的话，就去绿色草原吧，那里也有宝可梦中心。”

小智昨日可是连续大战，非常辛苦，小凌注意到后，指向了前方森林的方向。

“绿色草原？是不是就是那个在城都地区女孩子最想去的排行榜排第一的？”小霞貌似有些了解。

“答对了！我接下来也打算去那里！”小凌说道。

“太好了！我也一直想去绿色草原！”奈奈也是小女生非常的兴奋。

“绿色草原听说是绿意盎然的和平之地，那里吹拂的风，据说可以安抚训练家和宝可梦疲惫的心灵呢，我一直都很想去看看啊。”小霞在路上十分高兴的讲着。

就在小智四人穿过森林时，三个美少女突然愣住了。

“怎么了？”小智还在后面慢慢走着。

“师父，你看！”奈奈指着远处的结晶塔说道。

想象中的那一片苍翠的草原消失了，取而代之的的是一片冰冷的结晶，不断的蔓延，不断的吞噬着眼前的绿地。

远方，一座高耸入云的结晶塔诡异的耸立在那里，似乎是造成这一切变化的根源。

“这到底是怎么回事？”小霞非常失望的说道。

就在此时，小智的宝可梦图鉴传来了大木博士的消息。

“小智啊，大事不好，快和我联系！”

看着图鉴上的消息，联想到面前的结晶塔，小智顿时意识到了那件事。

附近的联络点，小智成功和大木博士接通了电话。

“大木博士，到底发生什么事情了?”

大木博士的脸上有一丝愧疚，在沉默几秒后，他欲言又止地道：“其实，是关于你妈花子的事。”

“你妈妈她被炎帝带走了。都是我的疏忽！”

“花子伯母不见了？”小霞在一旁有些着急。

小智安抚了小霞，示意不要慌张。

“炎帝？”小智此时才想起，未知图腾的秘密。

“那应该是未知图腾的力量！”

"为什么这么说？”大木博士十分疑惑，小智怎么知道未知图腾的。

“博士，还是说我妈的事吧。”小智问道。

“好吧，是这样........”

在城都地区的绿色草原上，有一座庄园别墅被突然出现的神秘结晶体给完全覆盖，而且这些结晶体还持续向外扩散着。