在魏徵任职之时，恰逢李世民刚刚发动玄武门之变杀掉了原太子李建成，匆匆就任储君之位，武德皇帝李渊还没有正式退位。从李世民当上太子到李渊正式退位，在两个多月的时间里李世民是以太子的身份总揽国家的军政大权，行使的实际上是皇帝的职权。因此魏徵这个太子詹事主簿所接触的所有工作，几乎桩桩件件与军国大事息息相关。
李世民登基之后，擢升魏徵为门下省的“谏议大夫”，这是一个真正的谏官职务，担任这个职务的官员最重要的职责就是对皇帝的施政和个人言行发表意见，事无论大小，皆可言是非，说起来有点类似后世的御史言官。这也是后世的绝大多数人将魏徵视为“谏臣”的根本原因。然而实际上，他的这个“谏议大夫”是以尚书右丞的本官兼任的，尚书右丞是个四品官，负责在相当于大唐中央政府的尚书省当值，上面仅有左右仆射两名领导。这是一个需要按照制度在政府中枢值班处理日常事务的职务，这个职务所负责的工作也件件关乎国家的大政方针，因此在作为“谏议大夫”向皇帝谏言并非魏徵的主要工作，仅仅是一份“兼职”而已，而且魏徵担任这个职务的时间实际上并不很长，贞观三年，他便被皇帝拔擢为秘书监，并被允许“参与朝政”。
贞观年的宰相是有定额的，按照国家的官职，只有尚书、门下，中书三省的长官才算作真宰相。在这三省当中，尚书省的长官尚书令由于唐太宗以前自己担任过，在他即位以后就不再授予大臣。尚书省以两名副长官左右仆射为长；而门下省的长官定制是两名，称作侍中；中书省的长官定制也是两名，称作中书令。也就是说，在唐朝初年，百官只有担任了尚书左右仆射、侍中、中书令这几个职务当中的一个，才算真的做了宰相。当时为了方便三省长官在一起讨论国家大政，皇帝专门在皇城内的门下省开辟了一间专用会议室，称作“政事堂”。由于有资格进入政事堂讨论军国大事的只有三省的六名长官，而这六名长官都是实际上的宰相，这里便理所当然地被默认为宰相议政之所。
魏徵担任的“秘书监”虽然名义上也是内廷六省之一的秘书省的长官，但是实际品秩只有四品，地位也远不能与尚书、门下、中书三省可比，按照制度，他是没有资格进入政事堂与宰相们共议国家大政的。然而幸好他遇到的是一个在制度创新方面花样层出不穷的老板，轻轻一道敕令，不费吹灰之力便解决了这个难题。
李世民登基后不久，为了能够让更多的朝廷重臣参与到国家大事的讨论中来，给一些亲信大臣加上了诸如“参与朝政”“参议得失”“参知政事”“平章国计”之类的不同名义，允许他们进入政事堂列席宰相会议并对军国大事发表自己的看法和意见。因此魏徵所担任的秘书监一职虽然不是真正的宰相，却可以“参与朝政”的名义进入政事堂参加宰相会议。这些不同的名号发展到唐末宋初，逐渐形成了统一的规制，例如宋代的“参知政事”一职，就是事实上的副宰相。笔者以为，魏徵拜相的时间，不应该从他被任命为侍中的贞观六年五月算起，而应该自他以秘书监参与朝政的贞观三年算起。
唐代的秘书省，实际上是一个分管国家档案资料重要文件的机构，其对国家大政虽然没有直接的干预权，却也是直接接触政府中枢工作的重要职能部门。魏徵在秘书监的位子上工作了三年左右，贞观六年，他受唐太宗敕命检校侍中即暂时行使侍中的职权，从此正式成为门下省的长官，名副其实的宰相。
次年三月，李世民正式拜魏徵为侍中。贞观十一年，魏徵以眼疾辞相，李世民不许，虽然免去了他的侍中一职，却敕令他以特进“知门下省事”。也就是说，从贞观六年五月到贞观十七年正月魏徵病逝，这位以良臣自诩的大臣掌管门下省整整十年零八个月，而且在此期间有六年零三个月时间是由他一人独任门下省的长官。
唐代初年的尚书、门下、中书三省，有着极为明确的职能分工。所谓中书取旨、门下封驳、尚书奉而行之，实际上形成了一个国家政策性文件由拟定到审核通过再到付诸实施的规范流程。在三省当中，中书省的职能是按照皇帝的意见或者政事堂和议的决议草拟诏书；门下省的职能则是对中书省拟就的诏书进行审核，若无异议则副署通过，若有异议则将诏书发回重拟；而原本在三省当中权力最大地位最尊崇的尚书省的职能被死死限定在了“执行”两个字上。
实际上贞观时期的门下省职能远远比“封驳”二字要宽泛得多，笔者归纳了一下，门下省的主要职能可以列为以下三项：第一，对中书省所草拟诏书的审核、封驳及颁行；第二，对尚书省六部所奏事的审驳；第三，掌管皇帝御宝。
可以说，唐太宗贞观年间门下省的这三项主要职能，无一不与国家的终极权力息息相关。皇帝下发给朝廷六部的诏书要经过门下省的审核，由侍中在诏书上副署用印之后才能正式生效，也就是说，在魏徵独掌门下省大权的六年零三个月期间，只要他不同意诏书的内容，就可以拒绝副署，而没有他的副署用印，李世民的诏书就不过是一张不能生效的废纸罢了。如果门下省的官员在审核过程当中认为诏书内容不妥，可以在诏书上直接进行涂改，并将涂改完的诏书发回中书省，这个流程叫做“涂归”。
在贞观年之前，三省六部制度的核心是统管六部无所不总的尚书省，在贞观年之后，自裴炎担任宰相开始，中书省逐渐成为中央三省的核心。而在李世民当政期间，总揽文件上承下达并且掌握封驳审核大权的门下省才是大唐朝廷核心中的核心，门下省的地位实际上已经隐隐凌驾于尚书、中书两省之上，而门下省的长官，也就成为了事实上的大唐帝国首相。
贞观时期实际上是一个名臣辈出的年代，无论是号称“房谋杜断”的房玄龄和杜如晦，还是出将入相的一代战神李靖，又或者是与唐太宗总角相交位列凌烟阁二十四功臣之首的长孙无忌，都堪称一代旷古绝今的名相。然而最终在史书上与李世民相伴而成为贞观之治君臣表率的，却是那个喋喋不休地规劝太宗直言犯上的“谏臣”魏徵。其实我们早应该想到，在这个奇怪的事实背后，真相绝非某某某是虚怀若谷海纳百川的有道明君如此简单。
魏徵的耿直也好，魏徵的“忠贞”也罢，其实都不是其以一个“谏臣”身份跻身千古名相行列的真正原因，在这个倔犟中透着几缕睿智的老夫子那坚固如钢的意志背后，实际上有着极为强势的制度性因素在发挥作用。自古谏官多如牛毛，敢于犯颜直谏批龙麟者亦不在少数，为何独独一个魏老夫子成就了其千秋令名
恶意地猜想如下：贞观某年某月某日，太宗皇帝陛下与魏宰相发生了较大争执，皇帝龙颜大怒，拍案而起曰：“天下究竟是偶家的还是侬家的这一回偶偏偏不听侬的”魏宰相默然长揖、捋髯、转身、开步走用一根草绳拴在腰间的门下省公章随着宰相大人的鸭子步悠然晃动，当真是说不尽的轻松，道不完的悠闲，一旁的尚书左仆射梁国公房玄龄苦着一张老脸谏言道：“陛下不纳魏徵之言，其必不肯在敕书上签字画押盖公章摁手印，门下印鉴阙位，叫尚书省如何奉敕”
皇帝陛下闻言，痴呆呆思忖半晌，如同泄了气的皮球般委顿在席上
作茧自缚，作法自毙，天作孽，犹可恕，自作孽，不可活一代圣君胸中狂啸
所以我们说，贞观年间的魏徵，绝不仅仅是个“谏臣”，其对政府乃至整个大唐天下的影响力远比同时代的另外几个著名宰相为大。李世民时期的宰相里，在影响力上唯一能够与魏徵相提并论的是位列凌烟阁二十四功臣之首的长孙无忌，此人虽然在贞观年间基本赋闲，但在涉及国家根本大政乃至社稷承嗣这样的事情上的作用是魏徵远不能比的。尽管如此，魏徵仍然是贞观名臣榜上的第一人，而造成这一点的原因却颇为耐人寻味。
魏徵是一个出身世家的知识分子，其家世虽称不上十分显赫，却也绝不能算低贱。
魏徵一生四易其主，从“忠臣不事二主”角度而言，其作为儒门士人的忠贞和节操实际上并不堪论，也难怪他口口声声不愿做忠臣，实际上以他的履历而言，也根本做不成忠臣。
魏徵的学问一般，他不曾有脍炙人口的诗文传世，也不曾如长孙无忌般制定过一部唐律疏议，唯一勉强可以用来充数的就是一部由他主持编纂的隋书，篇幅大概可以列入二十四史当中最短的几部之内。作为一个文人，魏徵并没有超凡脱俗横溢飞流的才华。
魏徵的武绩平平，大唐立国平定天下的功劳簿上不曾有他的耀眼勋略。在开始追随李世民之前，他唯一可以拿出来提上一笔的不过是在武德初招降了李世勣
魏徵与唐太宗的私人交情平平，他们之间的那点“缘分”恰恰是在武德末年的储位之争当中，身为东宫僚属的魏徵极力劝说太子李建成先下手为强除掉秦王李世民